Здравствуйте, Сергей.

Ни в ДОПОГ, ни в документах. регламентирующих перевозку грузов или пассажиров, нет никаких упоминаний о командировочном удостоверении. Так же оно не упоминается и в ПДД. Командировочное удостоверение необходимо прежде всего вашему бухгалтеру.
Дело вот в чем. Существует трудовой договор с водителем, где проприсано время его работы и его обязанности (управление транспортным средством). Поэтому, говорить о командировке в вашем случае довольно бессмысленно. К примеру - дальнобойщик не может быть в командировке. поскольку это его работа.
Можно, конечно, довести ситуацию до абсурда и оформлять перевозку грузов водителем, как командировку. В таком случае должен быть приказ о командировке, командировочное задание, водитель после каждого рейса обязан будет составлять отчет и прочее.

С уважением, Павел.